A data da fundação da Confraria de Nossa Senhora da Agonia confunde-se com a história da devoção à sua padroeira, e com o início da realização da Romaria à imagem de Nossa Senhora da Agonia, a qual foi disposta na Capela do Bom Jesus do Santo Sepulcro em 1751.
Em 1783 a Sagrada Congregação dos Ritos concedeu faculdade e licença para todos os anos se celebrar nesta Capela no dia 20 de Agosto uma Missa Solene.