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O IGOT oferece licenciaturas, mestrados e doutoramentos na área da geografia e do ordenamento do território. Os alunos beneficiam de um ambiente de investigação e de aplicação muito rico, pois a larga maioria dos docentes são investigadores no Centro de Estudos Geográficos.

Licenciaturas (1º Ciclo):
- Geografia
- Planeamento e Gestão do Território
- Estudos Europeus (em parceria com a Faculdade de Letras)

Mestrados (2º Ciclo):
- Geografia Física e Ordenamento do Território
- Gestão do Território e Urbanismo
- População, Sociedade e Território
- Políticas Europeias
- Sistemas de Informação Geográfica e Modelação Territorial aplicados ao Ordenamento

Mestrados conjuntos (2º Ciclo)
- Ensino de História e Geografia
- Turismo e Comunicação
- Cultura e Sociedade na Europa

Doutoramentos (3º Ciclo):
- Geografia
- Turismo
- Território, Risco e políticas públicas
- Migrações
- Estudos do Desenvolvimento (em parceria com o ISEG, o ICS e o ISA)