O LNEG integra as competências nos domínios da energia e geologia anteriormente desenvolvidas por Departamentos e Unidades Orgânicas do INETI - Instituto Nacional de Engenharia, Tecnologia e Inovação, I.P.
O Laboratório Nacional de Energia e Geologia, I.P. é um Laboratório de Estado, que conta na sua Orgânica com dois Laboratórios, o LEN e o LGM.
Ao LEN, Laboratório de Energia, compete desenvolver actividades científicas e técnicas na área da Energia (Recursos endógenos renováveis de energia, Eficiência Energética nos diferentes sectores e as Novas tecnologias inovadoras e estratégicas, com vista à sustentabilidade energética), actividades de apoio ao Estado ao nível do desenvolvimento e aplicação de Politicas Públicas e à Economia em Geral.
Ao LGM , Laboratório de Geologia e Minas, compete desenvolver as atribuições do LNEG na área dos recursos geológicos, assumindo as funções permanentes do Estado relativas ao conhecimento geocientífico sistemático do território nacional e a representação nacional nos forums que congreguem representantes dos "Geological Surveys" nacionais.