Der Morro Alto ist der höchste Berg der Azoreninsel Flores. Er liegt im Kreis Santa Cruz das Flores.Der Berg ist wie die gesamte Insel vulkanischen Ursprungs. Auf seinem Gipfel befindet sich seit 1986 ein Antennenmast. Benachbarte Berge sind der Pico do Burrinha und der Pico dos Sete Pés .Der Morro Alto liegt im Ramsar-Gebiet Nr. 1806 Planalto Central das Flores und im Natura-2000-Gebiet PTFLO0002 Zona Central – Morro Alto – Ilha das Flores.