Resultado de muitas e diversas integrações, o acervo inclui obras de arte de diversa tipologia e cronologia. Aos objetos e suportes figurativos originalmente destinados a práticas litúrgicas (pintura, escultura, ourivesaria e marfins, que abarcam um período cronológico que vai do Românico ao Barroco), maioritariamente provenientes da Catedral e de igrejas da região, acrescem peças de arqueologia, uma coleção importante de pintura portuguesa dos séculos XIX e XX, exemplares de faiança portuguesa, porcelana oriental e mobiliário. Mas a coleção principal do Museu é constituída por um conjunto notável de pinturas de retábulo, também provenientes da Catedral, de igrejas da região e de depósitos de outros museus, da autoria de Vasco Fernandes (c. 1475-1542), o grande mestre da pintura portuguesa do séc. XVI, também conhecido por Grão Vasco (que dá o nome a este Museu), bem como de seus colaboradores e contemporâneos.
O Museu encerra nos seguintes dias: 1 de janeiro, Domingo de Páscoa, 1 de maio, 25 de dezembro e no feriado municipal, 21 de setembro.