Iniciou a sua atividade como hospital em 1955, apoiando durante décadas, a frota bacalhoeira portuguesa que atuava nos bancos da Terra Nova e Gronelândia. Desativada a frota bacalhoeira, ficou apodrecer nas docas de Lisboa, durante muitos anos.
Em 1998, a Fundação Gil Eannes, considerando-o património cultural e afetivo da cidade, resgatou-o da sucata por cerca de 250 mil euros, após uma inédita campanha que envolveu todos os estratos sociais vianenses.
Em 31 de Janeiro de 1998, foi recebido festivamente na Foz do Lima, onde, depois de limpo e restaurado, foi aberto ao público, assumindo-se como pólo de atratividade para Viana do Castelo.
A reconversão transformou-o num espaço museológico aberto a visitas todos os dias.
O Navio Gil Eannes é propriedade da Fundação Gil Eannes, entidade sem fins lucrativos e de utilidade pública, que tem por fim contribuir para o desenvolvimento cultural, turístico e científico, especialmente na áreas relacionadas com o mar.