A Misericórdia de Lagos é uma das mais antigas do país. Tradicionalmente, celebra-se a sua fundação a 2 de Julho de 1948. Porém, esta data suscita algumas dúvidas, por ser anterior à fundação da Misericórdia de Lisboa.
Ao longo dos séculos, a Misericórdia dedicou-se fundamentalmente à área da saúde, com o Hospital da Santa Casa da Misericórdia, que, depois de 25 de abril de 1974, foi nacionalizado.
Desde então, a Misericórdia passou a desenvolver respostas na área social, nomeadamente lares para idosos e estruturas de apoio às crianças.